Digamos que por motivo de segurança, resolveram mudar o número da porta SSH e você não consegue mais fazer um simples git pull então, basta adicionar o prefixo do protocolo ssh:// e então adicionar o número da porta. Considerando que a porta agora é 2222.

$ git clone ssh://user@git.repo:2222/path/repo.git

Referências:

• http://www.bramschoenmakers.nl/en/node/720